欧盟移民协议刚刚生效数小时后，官员们透露，欧盟更新后的庇护指纹数据库Eurodac在6月12日进行例行软件更新时，发生了全区域范围的故障。荷兰移民当局最先发现了此次中断，随后在尼科西亚部长级会议上得到了确认。此次故障导致多个成员国无法上传在新的七天边境筛查程序中采集的生物识别数据，前线官员不得不依赖本地存储，直到中央系统恢复。欧盟发言人将此次中断形容为“首日的磨合问题”，并表示连接正在逐步恢复。由于Eurodac是整个移民协议的核心——将指纹与庇护申请关联，并根据都柏林规则触发转移——此次事件凸显了技术风险可能扰乱精细设计的流动计划。飞往塞浦路斯的航班未受延误影响，但边境官员不得不向部分旅客发放手工收据，增加了处理时间。流动性顾问建议，未来几周内调动非欧盟员工的企业应预留更多时间办理入境手续，并备份旅行证件，以防系统再次宕机。从长远来看，此次事件加强了设立独立灾难恢复中心和加大欧盟信息技术基础设施投入的呼声。
