一份于11月12日发布的详细旅行者报告警告称，由于欧盟入境/出境系统（EES）的实施，马德里-巴拉哈斯机场非欧盟乘客在高峰时段排队时间最长可达50分钟。该博客文章基于现场观察和欧盟委员会的指导，强调首次进行生物识别登记（面部和四指指纹）在4S和1号航站楼造成了瓶颈。航空公司已开始呼叫转机乘客先从前排下机，而机场管理局AENA确认正在通过一项快速招聘计划增聘120名边境警察，该计划有效期至1月15日。商务舱快速通道仍然开放，但旅客最终仍需进入同一登记柜台，节省的时间有限。企业差旅团队应建议员工在出境长途航班时至少预留三小时，以应对登记流程尚未稳定的情况。未能在EES系统中记录“出境”信息，可能会触发逾期停留警示，影响未来申根签证申请，因此旅客应保留登机牌或登机口照片作为备份证据。展望未来，西班牙计划于2027年3月推行ETIAS旅行授权检查；系统集成测试将于11月28日22:00至次日04:00进行，可能带来额外的通关延误。
