布鲁塞尔机场公司（BAC）于4月2日呼吁比利时政府和欧盟委员会在分阶段推行新的出入境系统时“提高灵活性”，警告称目前的时间表已影响该枢纽作为多国公司总部所在地的重要门户作用。BAC在行业媒体《乘客航站楼今日》发表的强硬声明中指出，在为期四天的试点期间，近600名乘客因手动边检无法跟上新要求的数据录入速度而错过航班，其中许多乘客行程紧凑。出发排队时间最长达两小时，抵达排队时间超过三小时。机场累计出现21小时的运营中断，削弱了洲际航班的最短换乘时间。尽管比利时已暂停生物识别信息采集，但机场表示处理时间仍然较长，因为所有第三国国民仍需完成电子登记。来自美国、英国、加拿大和新加坡的旅客暂时被禁止使用自助通关闸机，必须通过警察值守的登记亭。BAC主张应立即恢复“可信”国籍旅客的自助通关权限，并允许成员国在高峰期暂停部分规定。此呼吁正值商业游说团体VBO-FEB警告称，反复的拥堵可能吓退投资者，导致企业改为通过阿姆斯特丹或巴黎转机。扎芬特姆机场的航空公司已增加机组人员工作时间，并敦促旅客即使是短途航班也提前三小时到达。比利时内政部表示将于下次司法与内政理事会提出此问题，但欧盟官员坚持2026年4月10日的截止日期不变。与此同时，出行管理者被建议提前告知旅客可能的延误，尽可能预先登记常旅客，并关注如高速铁路等邻近枢纽的应急方案。
