新出入境系统刚上线数小时，西班牙机场便向布鲁塞尔求助。4月10日，欧洲机场理事会（ACI Europe）与欧洲航空公司联盟（A4E）联合发布声明，警告部分航班因乘客在护照检查排长队时登机口关闭，导致空座率较高。在马略卡帕尔马机场，边境警察报告称，英国休闲旅客因自助通关设备生物识别失败，等待时间最长达150分钟，需人工干预。航空业界呼吁欧盟委员会恢复允许边境人员在高峰期“关闭”生物识别采集的豁免权，该豁免在系统全面启用时已失效。若无此豁免，警方必须为每位尚未登记的第三国国民采集指纹和面部图像，即使排队延伸至行李大厅。西班牙内政部表示，已派遣100支移动登记队伍，缓解阿利坎特、马拉加和特内里费南部三大休闲旅客比例最高机场的压力，并允许航空公司提前开放值机柜台，使旅客分批通过边检，避免集中拥堵。对企业而言，此次混乱提醒需在行程安排中预留充足时间。四月内需通过西班牙调动项目团队或设备的跨国公司，应至少预留四小时地面转机时间，以应对跨大西洋航班与国内段之间的衔接。旅行管理人员也被建议提前告知出差人员：首次出行必须采集指纹，摘除戒指和使用润肤霜可加快流程。灵活应对的呼声在政治上颇为敏感。成员国过去十年一直主张数字边境既更安全又更高效。欧洲机场理事会总干事奥利维耶·让科维奇坚称业界仍支持新系统，但警告“若乘客转向非申根枢纽，安全优势将被削弱”。欧盟委员会预计下周回应，但布鲁塞尔消息人士透露，任何让步都将是临时且附带条件，要求机场公开实时运行数据。
