欧盟生物识别出入境系统（EES）刚刚强制实施五天，西班牙机场便出现了许多业内人士担忧的初期问题。4月15日，西班牙《AS报》报道，马德里-巴拉哈斯机场和巴塞罗那-埃尔普拉特机场的第三国国民排队进行指纹和面部扫描，等待时间最长达“三小时”。易捷航空确认，4月14日在马略卡帕尔马机场有超过100名乘客错过了转机。西班牙《国家报》援引机场运营商的警告称，除非增设更多电子闸机和工作人员，否则夏季前局势可能“难以控制”。国际航空运输协会预计，首次登记平均每位旅客需耗时四分钟，是盖护照章时间的四倍。虽然持有生物识别居留卡（TIE）的西班牙居民免于登记，但许多人误被引导进入EES排队，进一步加剧了延误。《卫报》报道，欧盟官员于4月15日与机场协会召开紧急会议，协调软件修补并明确过境旅客的操作流程。会议排除了全面暂停系统的可能，但提醒成员国，EES条例第25条允许在特殊情况下临时恢复人工检查，西班牙迄今尚未采纳此选项。对于企业出行管理团队，当前建议务实：提醒旅客至少提前45至60分钟抵达，确保持居留卡者携带免检证明，并告知携带笔记本电脑的高管，液体和电子设备的安检规定未变，“快速通道”无法缓解EES带来的瓶颈。对于通过马德里或巴塞罗那枢纽出行的公司，建议在通关效率稳定前考虑改经里斯本或巴黎转机。长期来看，专家表示西班牙或将引入类似于在马略卡为英国国民试点的“商务”专用通道，但任何空间重新分配都需与国家机场运营商AENA及负责边检的国家警察协调配合。
