Hành khách đến sân bay Brussels vào ngày 30 tháng 9 đã phải xếp hàng chờ đợi lên đến năm giờ sau khi một số ki-ốt kiểm soát biên giới tự động liên kết với Hệ thống Nhập cảnh/Xuất cảnh mới của EU (EES) bị lỗi ngay sau giờ cao điểm buổi sáng. Nhân viên sân bay đã phát nước uống và bánh quy speculoos đặc trưng của Bỉ để giảm bớt căng thẳng, nhưng hình ảnh các gia đình nằm la liệt trên sàn nhà ga nhanh chóng lan truyền trên mạng xã hội. EES, được triển khai đầy đủ tại các cửa khẩu Bỉ từ tháng 4, được thiết kế để thay thế việc đóng dấu hộ chiếu thủ công bằng quét sinh trắc học dấu vân tay và khuôn mặt đối với người không thuộc EU. Về lý thuyết, hệ thống này giúp việc qua lại nhanh hơn và giúp cơ quan chức năng dễ dàng phát hiện người ở quá hạn visa. Tuy nhiên, sân bay Brussels liên tục gặp khó khăn về nhân sự và sự cố phần cứng. Khi các ki-ốt tự phục vụ ngừng hoạt động, tất cả hành khách từ các nước thứ ba phải qua các quầy có nhân viên, tạo ra nút thắt cổ chai ngay lập tức. Ban quản lý sân bay cho biết đang đào tạo thêm cảnh sát Liên bang để tăng cường lực lượng tuyến đầu, nhưng các công đoàn cảnh báo cần ít nhất 70 cảnh sát bổ sung trước Giáng sinh để tránh tình trạng quá tải. Bộ Nội vụ đến nay mới chỉ hứa hỗ trợ thêm 25 người. Các tổ chức ngành như IATA và Airlines for Europe đang vận động Ủy ban châu Âu cho phép các sân bay linh hoạt tạm thời—chẳng hạn như tạm ngưng thu thập dấu vân tay trong giờ cao điểm—cho đến khi cơ sở hạ tầng được nâng cấp. Đối với các nhà quản lý du lịch doanh nghiệp, sự cố này là lời nhắc nhở cần dự phòng thời gian nối chuyến dài hơn khi đi qua Bỉ. Các công ty chuyển nhân viên hoặc tổ chức họp tại Brussels nên khuyên người không thuộc EU dành ít nhất ba giờ giữa lúc hạ cánh và các cam kết tiếp theo cho đến khi tình hình ổn định. Các nhà cung cấp dịch vụ rủi ro du lịch cũng khuyến nghị đăng ký dấu vân tay trước tại các sân bay vùng yên tĩnh hơn nếu có thể, dù năng lực ở đó có hạn. Ngoài sự bất tiện trước mắt, sự việc này còn cho thấy thách thức lớn trong việc đồng bộ hóa kiểm soát biên giới công nghệ cao trên 27 quốc gia thành viên với mô hình nhân sự cảnh sát và thiết kế nhà ga rất khác nhau. Nếu Bỉ—nơi có một trong những trung tâm hiện đại nhất châu Âu—không thể vận hành EES trơn tru, các sân bay nhỏ hơn có thể sẽ gặp khó khăn còn lớn hơn.
