入境/出境系统（EES）刚上线数小时后，总部位于比利时的行业组织便发出警报。4月10日，欧洲机场理事会（ACI Europe）和欧洲航空公司联盟（A4E）在布鲁塞尔联合发布严厉声明，警告称首个强制生物识别检查日导致边境管制处乘客排队等待时间长达两到三小时，部分航班因旅客迟到未能及时登机而空座起飞。举例包括一班布鲁塞尔飞伦敦的航班，因51名持票旅客未登机而延误起飞，另一班欧盟内部航班在规定关闭时间时甚至无人登机。两大协会呼吁欧盟委员会允许边防指挥官在排队人数超过预设阈值时“完全暂停”生物识别采集——这一选项在试点阶段结束午夜后已失效。运营难题在比利时布鲁塞尔机场尤为突出，该机场作为网络航空枢纽，申根区与非申根区旅客流交汇，且基础设施陈旧，难以应对复杂局面。手提行李和免税品携带的液体物品常引发二次安检，加剧了通往新EES自助终端的空侧通道拥堵。ACI总干事奥利维耶·让科维奇表示，正值航空公司加大夏季航班投入之际，欧洲乃至比利时作为游客和商务旅客无缝目的地的声誉正面临考验。该组织正推动制定灵活规则，允许边防人员在高峰时段恢复目视护照检查，并加强公众信息宣传，让旅客明白可能需要提前四小时抵达机场。对于全球流动管理团队来说，实用建议明确：在行程中预留更多缓冲时间，提醒派遣人员可能错过转机，并密切关注比利时的应对措施，因为其他申根国也在争取同样的灵活性。
